دانشکده علوم پزشکی زاهدان در سال 1365 در محل مجتمع آموزشی حضرت فاطمه زاهدان با پذیرش تعداد محدودی دانشجوی پزشکی فعالیت خود را آغاز کرد. یک سال بعد از فعالیت این دانشکده به دستور وزیر بهداشت به دانشگاه علوم پزشکی و درمانی ارتقاء پیدا کرد. دانشگاه علوم پزشگی زاهدان به عنوان دوازدهمین دانشگاه علوم پزشکی برتر ایران در سال 2016 انتخاب شد.
دانشگاه علوم پزشکی زاهدان جهت کنترل رفت آمد کادر درمانی و سایر کارکنان این بیمارستان سالهاست از خدمات نرم افزار ساعت زنی شرکت کسرا بهره می برد.